9 октября 2012 года на установку ЭЛОУ-АВТ была подана первая нефть из товарно-сырьевого парка и произведен розжиг печи. Этот день считается днем пуска первой очереди Яйского НПЗ.
В строительстве и поставке оборудования для первой очереди предприятия участвовало более 600 организаций, за четыре года было освоено около 17 миллиардов рублей.
В 2018 году введен в эксплуатацию блок вакуумной перегонки мазута с расчетной мощностью 1600 тыс. т\год. Глубина переработки нефти на данном этапе составила 76%.
В феврале 2021 года введена в строй Комбинированная установка переработки прямогонных бензиновых фракций УК-1, что позволило наладить выпуск автомобильного бензина, соответствующего пятому экологическому классу.
За десять лет Яйский НПЗ переработал около 30 миллионов тонн нефти, выдал около миллиона тонн бензина класса К-5, более 10 миллионов тонн дизельной фракции, почти 2 миллиона тонн вакуумной фракции.
Сегодня Яйский НПЗ – это современное высокотехнологичное предприятие, на котором трудится более 1000 человек. Продукция завода востребована в 25 странах мира.
В настоящий момент начата активная работа над проектированием третьей очереди предприятия.
В день 10-летнего юбилея на предприятии чествовали лучших работников завода. Почетными грамотами Министерства энергетики Российской федерации награжден директор Яйского НПЗ Виктор Ромашкин и заместитель технического директора по производству Андрей Трибус. Отличившимся сотрудникам были вручены областные и городские награды, а также Почетные грамоты и денежные премии от руководства компании «НефтеХимСервис» за многолетний добросовестный труд и большой личный вклад в развитие компании.